460 件の論文
この研究は、ゲノムデータと生態ニッチモデルを用いて、北米の温暖な砂漠に生息するサボテンウグイス（Campylorhynchus brunneicapillus）の大陸系と半島系という 2 つの遺伝的に分化した集団が、氷河期と間氷期の気候変動によって人口動態やゲノム分化（特に Z 染色体における回復の差異）を形成し、種分化の過程を解明したものである。
本論文は、エナメル形成過程におけるタンパク質の分解やリン酸化パターンを考古学的な歯エナメルタンパク質解析で解明し、人類進化研究への応用やリン酸化に基づく新たな遺伝的性判定マーカーの提案を通じて、古タンパク質研究の新たな知見を提供するものである。
WINDEX は、サイトレベルとウィンドウレベルの統計情報を階層的に統合する新しい手法であり、正の選択の痕跡をより正確に検出・局所化し、全ゲノムにわたる正の選択の割合を推定することを可能にします。
この論文は、ネスト型宿主・寄生虫モデルを用いた適応動力学解析により、重複感染が単一感染や超感染に比べて寄生虫の病原性を低下させつつ宿主の抵抗性を高める共進化の安定状態をもたらすことを示し、その効果が宿主間の空間的結合度（接触構造）に依存することを明らかにしている。
この研究は、熱帯の島嶼に生息する固有鳥類の気候変動への脆弱性が、食性や体サイズなどの種特性と過去の人口動態履歴によって決定されることを明らかにし、絶滅リスク評価にこれらの要素を統合した保全政策の必要性を提言しています。
本研究は、長鎖および短鎖リード配列データを用いて解析を行った結果、Odocoileus 属の 2 種における種特異的な構造的変異（SV）が生殖や感覚適応に関連する遺伝子に影響を与え、これらが種分化のメカニズムに関与している可能性を示唆しています。
個体ベースのシミュレーション研究により、有害な寄生虫の多様性だけでなく、宿主と共生する有益な微生物の管理という側面が、脊椎動物の獲得免疫の進化と維持を促した主要な要因であることが示唆された。
この論文は、系統線形モデルにおける予測変数間の関係を明示的に無視することによって生じる「オッカムのバイアス」が生態・進化プロセスに関する推論を歪めていることを指摘し、13,949 種の陸生脊椎動物を用いた実証研究を通じて、すべての因果経路を考慮する多変量モデル構造への転換を強く提唱しています。
この論文は、中枢神経系に関連する形質が、他の形質と比較してより強い自然選択の制約を受け、変異の標的サイズが大きく、GWAS における統計的有意性が低いという共通の遺伝的アーキテクチャを持つことを明らかにし、複雑な形質の遺伝的構造がそれを媒介する組織によって形成されていることを示唆しています。
この論文は、複雑な遺伝子型 - 表現型アーキテクチャ（モジュール性と相関性）が、選択圧、移動、および生物・非生物的要因の相互作用を通じて生物多様性の動態をどのように決定し、多様な環境条件下での種の共存メカニズムを再定義するかを、空間的マルチレイヤネットワークモデルを用いて明らかにしたものである。
本論文は、ゲノムおよびトランスクリプトームデータを用いて軟骨魚類の TLR 遺伝子レパートリーを包括的に解析し、系統特異的な進化パターンや正の選択の証拠、ならびに MHC 領域との共局在を通じて、脊椎動物の免疫系進化における軟骨魚類の重要性を明らかにしたものである。
本論文は、機械学習による高解像度表現型解析と比較ゲノム解析を統合し、Heliconius 属の蝶において、同じ翅の模様収束進化が異なる遺伝的変異を通じて同じ調節アーキテクチャ内で繰り返されることを実証した。
オーストラリアの diplodactylid ヤモリ類は、約 4500 万年前に樹上性の湿潤環境で起源を持ち、その後の乾燥化と生息域の転換が繰り返されることで多様化と形態進化を促進したことが、約 5000 個の核遺伝子座を用いた系統解析により明らかになった。
この論文は、複雑な構造を持つ個体群の進化動態を解析する際、高次元モデルの数学的難解さを克服し、完全モデルと同等の進化的結果を保証する統一的な理論枠組み「構造的進化侵入分析」を提案しています。
本研究は、進化的に情報を与えられた遺伝子セットを用いた11 種の脊椎動物の単一細胞解析により、脊椎動物の前脳が細胞種の安定したアーキテクチャを維持しつつ、進化的に保存された転写プログラムを系統特異的に調整することで進化してきたことを明らかにしました。
マラピオレアルス目内の難解な系統であるクシオイド類の系統関係を解明するため、汎用プローブセットに系統特異的ターゲットを追加した「Clusioids626」プローブセットを開発し、核遺伝子と葉緑体遺伝子の両方から得られたデータにより、汎用セット単独では達成できなかった完全な系統解決を実現したことを報告しています。
本研究は、宿主の年齢構成がウイルスの進化速度や特異性を決定する主要な生態的要因であり、作物の年齢ピラミッドを操作することでウイルスの進化をより被害の少ない方向へ誘導できる可能性を示した。
この論文は、38 種のカタルヒネ類霊長類におけるアミノ酸置換変異の適応度効果分布（DFE）を推定し、種間差は主に有効集団サイズの違いに起因するものであり、集団サイズが 10 倍増えると強く有害な変異の割合が約 10% 増加すること、また支配性の影響は比較推定に最小限であることなどを明らかにした。
ロボットを用いた進化実験により、抗生物質耐性の進化経路は遺伝的背景の大部分で共通するが、特定の細胞機能の阻害が関与する「機能特異的エピスタシス」によって経路が変化し、耐性獲得が遅延することも示され、このメカニズムを治療戦略に応用できる可能性が示唆されました。
中国・宋代のメロンの古代 DNA 解析により、メロンが中国で独立して家畜化されたのではなくアジア由来の栽培種であったこと、そして当時のメロンが甘味のあるデザート用ではなく、緑色の果肉を持つ食用または料理用として利用されていた可能性が示されました。